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Zuständige Behörde ist das Amt für den nationalen Emissionszertifikatehandel (kurz AnEH) im Zollamt Österreich. EU-ETS 2 ist in das bereits bestehende Nationale Emissionszertifikatehandel Informationssystem (NEIS) eingebettet. Für Handelsteilnehmer, die am 1. Mai 2024 bereits als Handelsteilnehmer im NEIS erfasst sind, hat die zuständige Behörde die ihr bekannten Daten als Vorlage für den Antrag auf Erteilung der Genehmigung zum EU-ETS 2 bereitzustellen. Dieser Antrag auf Genehmigung im NEIS hat bis 30. August 2024 zu erfolgen bzw. muss vier Monate vor Aufnahme der Tätigkeit gestellt werden.
Die Antragstellung auf Genehmigung gemäß § 37 EZG 2011 ist im NEIS möglich. Die Antragstellung wird durch die Implementierung des Monitoringplans (auch Überwachungsplan genannt) im NEIS übersichtlich dargestellt und erleichtert die Antragstellung. Die Abgabe der jährlichen Emissionsmeldung soll ebenfalls über NEIS erfolgen.